Um dos principais pontos restabelecidos na lei é a preferência das atuais concessionárias na obtenção de autorizações para as ferrovias que forem disponibilizadas para outorga. Essa preferência terá validade por cinco anos e as concessionárias terão 15 dias para exercer esse direito. O presidente Bolsonaro havia vetado essa regra, argumentando que ela inviabilizaria a competição no setor ferroviário.
Além disso, a lei também garante o direito à recomposição do equilíbrio econômico-financeiro às concessionárias atuais, caso não ocorra a adaptação do contrato de concessão para autorização. Isso pode ser feito através da redução do valor da outorga, aumento do teto tarifário, supressão da obrigação de investimentos ou ampliação do prazo contratual.
Outro ponto importante que foi restaurado é a proibição de que as empresas responsáveis pelas ferrovias outorgadas recusem, sem justificativa, o transporte de cargas. O veto do presidente alegava que essa discricionariedade era necessária por se tratar de um regime de direito privado. No entanto, a lei restabeleceu essa vedação, reconhecendo apenas três justificativas para recusa: a saturação da via, o descumprimento de condições contratuais e a falta de material ou serviços disponíveis.
A lei também trouxe exigências documentais para a obtenção de autorização de exploração de novas ferrovias, como o relatório executivo dos estudos de viabilidade técnica, econômica e ambiental, informação de capacidade de transporte da ferrovia a ser construída e condições técnico-operacionais para interconexão e compartilhamento da infraestrutura ferroviária.
Uma mudança relevante foi determinada pela lei em relação aos valores não-tributários auferidos pela União junto às operadoras ferroviárias, como multas e indenizações. Agora, esses valores devem ser reinvestidos em infraestrutura logística ou de transporte público, sendo que pelo menos metade deve ser destinada a projetos estaduais. O veto a essa obrigatoriedade foi justificado pelo risco à eficiência da gestão dos recursos públicos, no entanto, os parlamentares já firmaram acordo para derrubar esse veto.
Apesar da promulgação dos dispositivos do Marco Legal das Ferrovias, ainda há um veto pendente a ser votado na próxima sessão do Congresso. Esse veto se refere ao caput (enunciado) de um artigo e seu primeiro inciso. Apesar disso, existe um acordo entre os parlamentares para garantir a derrubada desse veto quando o dispositivo voltar à pauta.
