O presidente da CPI, senador Plínio Valério (PSDB-AM), autor do requerimento de audiência, ressaltou que o ISA foi mencionado em diversas ocasiões durante depoimentos, principalmente pelo conselheiro da área de proteção ambiental (APA) Triunfo do Xingu (PA), Marcelo Norkey Duarte Pereira. Marcelo destacou a associação entre desmatamento e áreas de assentamentos, denunciou o afrouxamento de licenças ambientais e criticou a qualidade dos estudos técnico-científicos elaborados pelo ISA em contrato com o governo federal para viabilizar sete unidades de conservação na floresta amazônica.
Em sua justificação para o convite a Santilli, Plínio recomenda que o presidente do ISA preste informações sobre os estudos realizados pela organização. Há acusações de que os critérios utilizados para definir as áreas a serem integradas às unidades de conservação foram manipulados e arbitrários, o que acarretou em restrições arbitrárias à atividade econômica e isolamento de populações que não foram consultadas a respeito.
Além disso, a CPI também investiga as controvérsias relacionadas às contas do ISA, que teria movimentado mais de R$ 69 milhões em 2022. Na mesma audiência, a presidente da Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai), Joenia Wapichana, também deverá ser ouvida a respeito da atuação de ONGs e organizações da sociedade civil de interesse público (Oscips) na Amazônia.
A CPI, instalada em 14 de junho, tem como objetivo investigar as atividades de organizações não governamentais financiadas com dinheiro público na região da Amazônia entre os anos 2002 e 2023. Ela deverá concluir seus trabalhos até o dia 23 de outubro.