Segundo os órgãos responsáveis, as obras de restauração continuam em andamento, sendo interrompidas apenas nos locais de identificação dos enterramentos e na área que ainda precisa ser escavada. Os pontos onde foram encontradas as ossadas foram isolados para garantir a proteção do material, e o IPHAN recomendou a realização de uma pesquisa arqueológica para investigar mais a fundo as descobertas.
A restauração do Mercado de São José tem como objetivo preservar e restaurar o equipamento que abriga 403 boxes em uma área de 4,6 mil m², sendo 3,5 mil m² cobertos. Dividido em dois pavilhões, além de um pátio externo, o mercado possui uma arquitetura típica do século XIX em ferro, sendo o mais antigo do Brasil, inaugurado em setembro de 1875.
O projeto de requalificação do espaço comercial foi dividido em duas etapas para minimizar o impacto nos comerciantes locais. Na primeira fase, 46 permissionários foram realocados para um anexo provisório, enquanto outros 54 optaram por receber um auxílio financeiro durante as obras. A realização do projeto está prevista para durar cerca de um ano e inclui a reforma dos banheiros, a restauração dos elementos de ferro, vidro e madeira, com um investimento total de R$ 22 milhões.
Apesar das descobertas arqueológicas recentes, a continuidade das obras e a preservação da história do Mercado de São José são prioridades para os órgãos responsáveis, que buscam conciliar a restauração do patrimônio histórico com as demandas locais e o calendário das obras.
