As escolas privadas também terão a oportunidade de participar do programa, bastando manifestar interesse junto ao sistema de saúde local. De acordo com o senador Marcelo Castro (MDB-PI), relator do projeto, a nova medida se faz necessária devido à queda na cobertura vacinal infantil no Brasil, que teve uma redução de quase 20%, colocando o país entre os 10 com menor cobertura vacinal do mundo, segundo dados do Unicef.
As equipes de saúde locais terão a responsabilidade de ir até as escolas para vacinar as crianças matriculadas nos ensinos infantil e fundamental, oferecendo as vacinas recomendadas para cada faixa etária. As datas das campanhas de vacinação nas escolas deverão ser divulgadas com antecedência, garantindo assim a informação necessária aos pais e responsáveis.
Além disso, o Programa Nacional de Vacinação nas Escolas prevê a ampliação da imunização para jovens não matriculados e adultos da comunidade, conforme a disponibilidade das doses. Contudo, houve polêmica em relação ao artigo 4º do projeto, que previa a notificação dos pais de alunos não vacinados e, em caso de ausência, a possibilidade de visitas domiciliares. Senadores da oposição como Damares Alves, Eduardo Girão e Rogério Marinho criticaram esse ponto, alegando que ele poderia levar à obrigatoriedade da vacinação.
Para evitar a votação de uma emenda que propunha excluir o artigo 4º do texto, o líder do governo no Senado, Jaques Wagner, afirmou que o presidente Lula vetará essa parte do projeto. Segundo ele, alterar o texto atrasaria a implementação do programa, já que seria necessário o retorno à Câmara dos Deputados para nova análise.
Apesar disso, alguns senadores se manifestaram contrários à aprovação do Programa Nacional de Vacinação nas Escolas, como Cleitinho, Eduardo Girão, Rogerio Marinho e Damares Alves. Eles argumentam a importância de respeitar as diferentes opiniões da população em relação à vacinação, destacando que ninguém deve ser obrigado a se vacinar.
