Gilmar Mendes também estabeleceu o número de representantes que o Congresso e entidades vinculadas à defesa dos indígenas terão na comissão. A Articulação dos Povos Indígenas (Apib) contará com seis representantes. A Câmara dos Deputados e o Senado terão três membros cada. Já o governo federal indicará quatro representantes, que serão escolhidos pela Advocacia-Geral da União (AGU), pelos Ministérios da Justiça e Segurança Pública e dos Povos Indígenas, além da Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai). Os estados terão dois membros, designados pelo Fórum de Governadores e pelo Colégio Nacional de Procuradores de Estado (Conpeg). Por fim, os municípios escolherão um membro em consenso entre a Confederação Nacional dos Municípios (CNM) e a Frente Nacional dos Prefeitos (FNP).
Gilmar Mendes é o relator das ações apresentadas pelo PL, PP e Republicanos, que buscam manter a validade do projeto de lei que reconheceu o marco temporal, bem como de processos nos quais entidades representativas dos povos indígenas e partidos governistas questionam a constitucionalidade da tese.
A tese do marco temporal estabelece que os indígenas só têm direito às terras que estavam sob sua posse em 5 de outubro de 1988, data da promulgação da Constituição Federal, ou que estavam em disputa judicial naquela época. Em dezembro do ano passado, o Congresso Nacional derrubou o veto do presidente Luiz Inácio Lula da Silva ao projeto de lei que validou o marco. Antes da decisão dos parlamentares, o Supremo Tribunal Federal já havia se posicionado contrário ao marco, o que serviu de justificativa para o veto presidencial.
