A polêmica envolvendo o Enem surgiu após membros da oposição afirmarem que a prova continha conteúdo contrário ao agronegócio e ao capitalismo. No entanto, Palácios ressaltou que os itens da prova foram elaborados por professores da educação básica e universitários selecionados por meio de chamada pública em 2020, durante o governo Bolsonaro.
Durante a audiência, o presidente do Inep destacou que a prova não tem intenção de demonizar o agronegócio, mas sim oferecer uma visão ampla e crítica sobre questões relevantes da sociedade brasileira. A citação de autores e a seleção dos elaboradores da prova também foram defendidas por Palácios como sendo baseadas em critérios técnicos e objetivos.
Deputados de diferentes partidos aproveitaram a audiência para alertar sobre problemas de logística na aplicação do Enem, como locais de prova distantes da residência dos estudantes. Segundo Manuel Palácios, quase 4 milhões de estudantes se inscreveram para o Enem 2023, porém a ausência no primeiro dia de prova foi de 28,1%.
Alguns deputados também defenderam uma revisão nos critérios de seleção dos elaboradores da prova, alegando que o atual grupo responsável pela elaboração tem um viés ideológico de esquerda, o que estaria desequilibrando o conteúdo do Enem. Outros, no entanto, defenderam a abordagem crítica da prova, afirmando que questões como racismo, feminismo e agronegócio devem ser discutidas para estimular o pensamento crítico dos estudantes.
A audiência pública acabou sem a aprovação dos requerimentos pedindo o comparecimento do ministro da Educação, mas o presidente da comissão informou que houve acordo para garantir que o ministro participe de uma audiência pública conjunta das comissões de Educação, de Fiscalização Financeira e Controle e de Agricultura, no próximo dia 22, para tratar do mesmo tema.
