Após a primeira fase, o Flamengo perdeu 12 jogadores e o técnico Mário Jorge, que voltaram ao Rio de Janeiro para a disputa do Campeonato Carioca com o time profissional. Com isso, apenas 17 atletas estão à disposição para a sequência do torneio sub-20, comandados por Raphael Bahia, auxiliar de Mário Jorge.
O próximo adversário do Flamengo será o São José-RS, a quem os cariocas encararam na primeira fase e venceram por 2 a 1. O time gaúcho superou o XV de Piracicaba nos pênaltis, por 6 a 5, após empate por 1 a 1 no tempo normal, no Estádio Senador José Ermírio de Moraes, em Alumínio (SP).
O Flamengo é o único time carioca ainda na competição, já que Fluminense e Botafogo foram eliminados na última sexta-feira, e o Vasco e o Madureira se despediram neste sábado. O Vasco foi goleado pelo Vitória por 4 a 1, enquanto o Madureira perdeu por 1 a 0 para o Cruzeiro.
O Atlético-MG também foi derrotado, perdendo por 1 a 0 para o Sfera. Já o Palmeiras segue vivo na competição ao derrotar o Sport por 3 a 1. O Santos também venceu, fazendo 4 a 0 no EC São Bernardo. Os confrontos da terceira fase prometem fortes emoções, com destaque para a busca do Palmeiras por seu terceiro título consecutivo na competição. Nunca na história da Copa São Paulo uma equipe conseguiu conquistar o título por três anos seguidos.
